CAS9
بخش پروتئینی و ماشین ویرایش ژنوم سیستم CRISPR است (Cas) و با کمک gRNA محل دقیق برش را شناسایی و عمل برش DNA را انجام می دهد. آنزیم Cas شامل انواع مختلفی است که Cas9 و Cas12 از شناخته شدهترین نمونههای آن هستند. CAS9 شاخصترین آنزیم سیستم ویرایش ژنوم با استفاده از سیستم CRISPR است که طی چند سال اخیر اثربخشی و کارآمدی خود را ثابت کرده است.
CAS12
Cas12 از جدیدترین آنزیمهای اندونوکلئاز این سیستم CRISPR است که مزیتهایی نسبت به Cas9 دارد. پروتئین Cas12 کوچکتر از Cas9 است که به آن کمک میکند تا راحتتر به داخل سلولها نفوذ کند، برخلاف Cas9 در محل برش انتهای چسبنده (sticky) ایجاد میکند، به tracrRNA نیازی ندارد در نتیجه میتوان از آن برای ویرایش همزمان چندین ژن استفاده کرد و اینکه Cas12 محل شناسایی برش در ژنوم را تخریب نمیکند در نتیجه امکان ایجاد برشهای متعدد و در نتیجه افزایش کارایی در ویرایش محل (های) هدف را مهیا می کند.